เขตหนองจอก เป็นหนึ่งในห้าสิบเขตของกรุงเทพมหานคร สภาพพื้นที่ส่วนใหญ่เป็นท้องทุ่งและเกษตรกรรม มีลำคลองไหลผ่านหลายสาย
เขตหนองจอกตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกสุดของกรุงเทพมหานคร มีอาณาเขตติดต่อกับเขตการปกครองข้างเคียง เรียงตามเข็มนาฬิกา ดังนี้
ทิศเหนือ ติดต่อกับอำเภอลำลูกกา (จังหวัดปทุมธานี) มีแนวเส้นตรงจากคลองเก้าไปบรรจบคลองสิบสี่เป็นเส้นแบ่งเขต
ทิศตะวันออก ติดต่อกับอำเภอบางน้ำเปรี้ยวและอำเภอเมืองฉะเชิงเทรา (จังหวัดฉะเชิงเทรา) มีคลองสิบสี่ แนวแบ่งเขตการปกครองระหว่างกรุงเทพมหานครกับจังหวัดฉะเชิงเทรา คลองแสนแสบ คลองบึงทองหลางเฒ่า คลองนครเนื่องเขต และคลองหลวงแพ่งเป็นเส้นแบ่งเขต
ทิศใต้ ติดต่อกับเขตลาดกระบัง มีคลองลำตาแฝง คลองลำตาอิน คลองกระทุ่มล้ม คลองลำพะอง คลองลำมะขาม และคลองลำกอไผ่เป็นเส้นแบ่งเขต
ทิศตะวันตก ติดต่อกับเขตมีนบุรีและเขตคลองสามวา มีคลองลำนกแขวก คลองลำต้นไทร คลองลำหินฝั่งใต้ คลองแยกคลองลำหินฝั่งใต้ ลำรางข้างซอยราษฎร์อุทิศ 70 คลองแสนแสบ คลองลัดตาเตี้ย คลองแบนชะโด และคลองเก้าเป็นเส้นแบ่งเขต